Для оптимизации работы епархии в различных сферах деятельности, по благословению Преосвященнейшего Лазаря, епископа Нарвского и Причудского, при епархии работает  несколько отделов: 

• Отдел религиозного образования и катехизации
• Отдел социального служения
• Информационный отдел
• Молодёжный отдел
• Отдел по связям с общественностью
• Паломнический отдел
• Отдел по культуре