Согласно историческим сведениям, Указом Святейшего Синода 15 июня 1884 года был образован приход в деревне Алайые, расположенной на побережье Чудского озера. Церковь сооружена за счет средств Государственного казначейства, по проекту губернского архитектора Кнюпфера, из красного кирпича с шатровой колокольней с западной стороны, увенчана крестом и куполом над храмом. Иконостас заказан на средства местных жителей.

Рыбацкая деревня Алайыэ нашла себе "причал" на северном побережье Чудского озера, которое по-эстонски называется Пейпси. И сам водоем, и его побережье - места уникальные. Чудское находится на границе между Эстонией и Россией. По площади оно четвертое в Европе. На северном побережье Пейпси с незапамятных времен живет русское население. Например, в приозерных деревнях Ремнику, Алайыэ, Каукси и Лохусуу. Впрочем, и на западном побережье Чудского тоже есть коренные русские поселения, в частности, деревни Рая, Казепяэ и Варнья. В памяти здешних жителей сохранились русские имена деревень. К примеру, Алайыэ раньше называлась Олешницы, а находящаяся у истоков реки Наровы, черпающей свои воды из Чудского озера, деревня Васкнарва прежде называлась Сыренец.

По данным некоторых исследователей, русские начали заселять Причудье более тысячи лет назад. Этот процесс продолжался в XII-XIII, а также XVIII веках. Из поколения в поколение передают жители причудской деревни Алайыэ бережное отношение к своей святыне, к своему храму. А храму более ста лет.